Per Müller, convinto cattolico ed amante dell’arte, era inaccettabile la distruzione di chiese, monasteri e delle opere d’arte in essi racchiuse. Dato che sempre più feriti arrivavano dal fronte che si stava avvicinando, anche il Seminario Regionale di Assisi venne trasformato in un ospedale militare. Nel libro dello storico Santucci “Assisi 1943-1944” a tale proposito si legge:” Il colonnello Muller chiese a monsignor Nicolini, delegato della Santa Sede per il Seminario Regionale Umbro, l’uso del grande complesso posto a valle della città di Assisi, sull’antica strada della Porziuncola. (…) La sera del 3 Giugno del 1944 il Seminario Regionale Umbro ospitava, così, i primi soldati tedeschi feriti.”  Infatti nel 1944 il rettore Domenico Raimondi, della diocesi di Acqui, a motivo del passaggio del fronte bellico, non potè rientrare ad Assisi e la Congregazione dei seminari nominò reggente del seminario il vescovo di Assisi, Giuseppe Placido Nicolini che subito accolse la richiesta del colonnello Müller. Prima della guerra, nel Seminario c’era spazio per 120 seminaristi, ma nel 1933 ci fu un aumento della popolazione e si dovette costruire un’altra ala, arrivando così a uno spazio massimo per 280 seminaristi. Si trattava di una struttura in grado di accogliere un gran numero di persone.